Монографии:
1. Никонов В.В. За Христа претерпевшие. Церковь и политические репрессии 1920–1950-х гг. на территории Раменского района Московской области. Т. 6. Рождественская волость. – Гжель: ГГУ, 2022. – 692 с.
2. Никонов В.В. За Христа претерпевшие. Церковь и политические репрессии 1920–1950-х гг. на территории Раменского района Московской области. Т. 5. Мячковская и Чулковская волости. /Никонов В.В., иерей Сергий Жданович. – Гжель: ГГУ, 2021. – 608 с.
3. Никонов В. В. Храм Преображения Господня в Люберцах. в 2 т. /Никонов В.В., иерей Вячеслав Новак. – М.: Кунай-колодец, 2020. – 560 + 360 с.
4. Никонов В.В. За Христа претерпевшие. Церковь и политические репрессии 1920–1950-х гг. на территории Раменского района Московской области. Т. 4. Быковская волость. – Гжель: ГГУ, 2019. – 816 с.
5. Никонов В.В. Владимирская церковь в Быкове. в 2 т. /Никонов В.В., Толмачева И.А. – М.: Кунай-колодец, 2018. – 524 + 376 с.
6. Никонов В.В. За Христа претерпевшие. Церковь и политические репрессии 1920–1950-х гг. на территории Раменского района Московской области. Т. 3. Загорновская волость. /Никонов В.В., Ушатова Н.П. – Гжель: ГГУ, 2018. – 943 с.
7. Никонов В.В. Православное Красково. История храмов Преображения Господня в Кореневе и Владимирской иконы Божией Матери в Краскове. /Никонов В.В., иерей Илия Семенов. – М.: Кунай-колодец, 2017. – 820 с.
8. Никонов В.В. За Христа претерпевшие. Церковь и политические репрессии 1920–1950-х гг. на территории Раменского района Московской области. Т. 2. Гжельская волость. – Гжель: ГГУ, 2017. – 576 с.
9. Никонов В.В. За Христа претерпевшие. Церковь и политические репрессии 1920–1950-х гг. на территории Раменского района Московской области. Т. 1. Раменская волость. /Никонов В.В., Ушатова Н.П. – Гжель: ГГУ, 2016. – 616 с.
10. Никонов В.В. Покровский храм с. Игумнова Раменского района. Исторический очерк. /Никонов В.В., Шабанова И.Е. – Гжель: ГГУ, 2015. – 388 с.
11. Никонов В. В. История храма во имя Архистратига Михаила и села Константиново Раменского района Московской области. /Никонов В.В., иерей Вячеслав Новак. – М.: Высшая школа, 2014. – 330 с.
12. Никонов В.В. Очерки истории Михаило-Архангельского храма села Константиново Бронницкого благочиния Московской епархии. / Никонов В.В., иерей Вячеслав Новак. – М.: Изд-во Общецерковной аспирантуры и докторантуры им. Святых равноапостольных Кирилла и Мефодия, 2013. – 194 с.
13. Никонов В.В. Художественно-промышленное образование в Гжели. Дореволюционный период. / Никонов В.В., Илькевич Б.В. – М.: Прометей, 2012. – 104 с.
14. Никонов В.В. Храм Успения Пресвятой Богородицы села Гжель. Исторический очерк. /Никонов В.В., Толмачева И.А. – Гжель: Кунай-колодец, 2011. – 176 с.
Публикации в изданиях, включенных в реестр ВАК РФ:
15. Никонов В.В. Членство в церковных советах православных приходов в 1920–1930-х гг. как фактор риска политических преследований // Ученые записки Курского государственного университета. – 2022. – № 4 (64).
16. Никонов В.В. Процесс возвращения закрытых храмов верующим в Московской области во время Великой Отечественной войны: по материалам ЦГАМО // История и архивы. – 2022. – № 4. – С. 45–62.
17. Никонов В.В. Деятельность Союза воинствующих безбожников на территории Восточного Подмосковья в 1920–130-х гг. // Ученые записки Орловского государственного университета. – 2022. – № 3 (96). – С. 61–68.
18. Никонов В.В. Отчеты уполномоченного Совета по делам РПЦ по г. Москве и Московской области как источник сведений о росте религиозных практик москвичей в 1944–1946 годах // Известия Смоленского государственного университета. – 2022. – № 3 (59). – С. 168–184
19. Никонов В.В. Особенности вынесения приговоров Московским революционным трибуналом по делам духовенства и верующих в 1918–1920-е гг. // Вестник ПСТГУ. Серия II: История. История Русской Православной Церкви. – 2022. – Вып. 108. – С. 74–87
20. Никонов В.В. Этапность в политических преследованиях духовенства в 1920–1930 х гг. на примере настоятеля Владимирского храма в селе Краскове Московской епархии священника Сергия Никитского // Христианское чтение. Научный журнал Санкт-Петербургской Духовной Академии Русской Православной Церкви. – 2022. – № 3. – С. 314–330. DOI 10.47132/1814-5574-2022-3-314
21. Никонов В.В. Закрытие приходских храмов в СССР в начале 1930-х годов (на примере Владимирского храма в Краскове Ухтомского района Московской области) // Вестник Рязанского государственного университета имени С. А. Есенина. – 2022. – № 3 (76). – С. 48–57. DOI 10.37724/RSU.2022.76.3.006
22. Никонов В.В. К вопросу об антицерковных процессах Московского революционного трибунала 1918–1920-х гг. (дело священника Михаила Сахарова) // Вестник РГГУ. Серия «Политология. История. Международные отношения». – 2022. – № 2. – С. 90–98. DOI: 10.28995/2073-6339-2022-2-90-98
23. Никонов В.В. Проект «сноса» 26 селений Московской области из-за действовавших в них православных храмов. 1951 г. // Вестник архивиста. – 2022. – № 2. – С. 546–556. doi 10.28995/2073-0101-2022-2-546-556.
24. Никонов В.В. На пороге Большого террора: диакон старообрядческих моленных Иван Афанасьевич Власов и дело московского неокружнического старообрядческого духовенства 1937 г. // Известия Саратовского университета. Новая серия. Серия: История. Международные отношения. 2022. Т. 22, вып. 2. С. 179–186.
25. Никонов В.В. Воззвания Московского епархиального попечительства о бедных духовного звания и сиротах как реакция на антицерковную государственную политику в 1918 г. // Ученые записки Орловского государственного университета. – 2022. – № 1 (94). – С. 44–49.
26. Никонов В.В. Первые закрытия храмов в Раменском районе московской области в 1920-х гг. // Ученые записки Курского государственного университета. – 2022. – № 1 (61).
27. Никонов В.В. Изъятие ценностей из храмов Московской губернии в 1922 г. в архивных документах ЦГАМО и ЦГА г. Москвы // История и архивы. – 2022. – № 1. – С. 105–118.
28. Никонов В.В. Антирелигиозные мероприятия, проводившиеся в Московской губернии в первые годы советской власти // Вестник Московского государственного областного университета. Серия История и политические науки – 2022. – № 1. – С. 62–72.
29. Никонов В.В. Крестный ход с Иерусалимской иконой Божией Матери в восточных уездах Московской губернии. Вековая традиция и запрет в 1920-х гг. // Ученые записки Орловского государственного университета. – 2021. – № 4 (93). – С. 58–63.
30. Никонов В.В. Антирелигиозная пропаганда среди школьников Гжельского народного художественного промысла в 1920-1930-х гг. /Никонов В.В., Илькевич Б.В. // Ученые записки Курского государственного университета. – 2021. – № 5.
31. Никонов В.В. Особенности подготовки преподавателей для воскресных и церковно-приходских школ в Российской империи в конце XIX – начале ХХ в./ Никонов В.В., Денисов М.В. // Наука и школа. – 2020. – № 6. – С. 97–104.
32. Никонов В.В. Полемика о вопросах взаимодействия церковно-приходского и земского образования в Московской губернии в конце XIX в. (По материалам периодической печати)/ Никонов В.В. // Наука и школа. – 2019. – № 2. – С. 198–209.
Научные статьи, доклады и материалы конференций:
33. Никонов В.В. Лишение избирательных прав приходского духовенства и членов церковных советов в 1920-х гг. как мера, направленная на дестабилизацию деятельности приходов и дальнейшее их разрушение // XXIX Всероссийская научно-богословская конференция «Сретенские чтения». Свято-Филаретовский институт. – Москва. – 18 февраля 2023 г.
34. Никонов В.В. Церковно-приходское образование в восточных уездах
Московской губернии на рубеже XIX–ХХ в. Тезисы к докладу // XXXI Международные рождественские чтения «Глобальные вызовы современности и духовный выбор человека». Государственная публичная историческая библиотека. – Москва. – 27 января 2023 г.
35. Никонов В.В. Расстрелянный в Бутове священник Иоанн Фрязинов: материалы к биографии. Тезисы к докладу // Бутовские историко-краеведческие чтения. Мемориальный научно-просветительский центр «Бутово». – Москва. – 17 декабря 2022 г.
36. Никонов В.В. Решения Московского ревтрибунала 1922 г. в контексте процессов по делам об изъятии церковных ценностей. Тезисы к докладу // Общецерковная научная конференция «В защиту Церкви и ее святынь». – Москва, ПСТБУ. – 17,18 октября 2022 г.
37. Никонов В.В. Церковная земля и ее использование приходским духовенством в синодальный период. Христорождественский храм села Быкова Московской губернии. // Материалы IX Международной научно-практической конференции РУДН «Духовно-нравственная культура в высшей школе. Церковь, государство, личность – история и современность». – Москва, 2022. – С. 238–253.
38. Никонов В.В. К вопросу об изъятии церковных ценностей из храмов Московской губернии // Православное книжное обозрение. – 2022. – № 4. – С. 22–28.
39. Никонов В.В. Цели, задачи и механизм проведения кампании по изъятию церковных ценностей в Бронницком уезде Московской губернии весной 1922 г. // Тезисы к докладу на семинаре епархиального отдела Коломенской епархии Московской митрополии. 24.02.2022.
40. Никонов В.В. Опись церковного имущества как источник по истории храма. /Никонов В.В. // Московские епархиальные ведомости. – 2021. – № 4.
41. Никонов В.В. Регулярные материалы церковного документооборота как источники для написания истории храма. Метрические книги и ревизские сказки. /Никонов В.В. // Московские епархиальные ведомости. – 2021. – № 3. – С. 79–88.
42. Никонов В.В. Регулярные материалы церковного документооборота как источники для написания истории храма. Клировые ведомости. /Никонов В.В. //Московские епархиальные ведомости. – 2021. – № 2. – С. 77–88.
43. Никонов В.В. Регулярные материалы церковного документооборота как источники для написания истории храма. Исповедные росписи. /Никонов В.В. //Московские епархиальные ведомости. – 2021. – № 1. – С. 103–112.
44. Никонов В.В. Материалы дел о перерегистрации религиозных общин как источник по истории приходской жизни 1920-х гг. /Никонов В.В. //Московские епархиальные ведомости. – 2020. – № 12. – С. 104–113.
45. Никонов В.В. Домашний архив как источник для исследований по церковной истории. /Никонов В.В. //Московские епархиальные ведомости. – 2020. – № 11. – С. 82–91.
46. Никонов В.В. Дневник протоиерея Димитрия Ивановича Кастальского как источник по истории Церкви XIX в. /Никонов В.В. //Московские епархиальные ведомости. – 2020. – № 10. – С. 90–96.
47. Никонов В.В. Церковь и государство во время Великой Отечественной войны / Никонов В.В. // Материалы образовательных Рождественский чтений (5 декабря 2019 г.). – Гжель: ГГУ, 2019.
48. Никонов В.В. Иерусалимская икона Божией Матери. Особенности почитания в Бронницком уезде Московской губернии. / Никонов В.В. // Материалы образовательных Рождественский чтений (6 декабря 2018 г.). – Гжель: ГГУ, 2018.
49. Никонов В.В. Исследовательский проект «За Христа претерпевшие» и перспективы его распространения на территорию Богоявленского прихода в Дорогомилове. // Материалы конференции «Возрождение исторических святынь Москвы. 18 октября 2018 г. – Домовый храм св. мученицы Татианы МГУ им. М.В. Ломоносова. Г. Москва.
50. Никонов В.В. Исследовательский проект «За Христа претерпевшие. Церковь и политические репрессии 1920–1950-х гг. на территории Раменского района Московской области». Анализ результатов и перспективы развития /Никонов В.В. // Московские епархиальные ведомости. – 2018. – № 10. – С. 50–54.
51. Никонов В.В. Исследовательский проект «За Христа претерпевшие. Церковь и политические репрессии 1920–1950-х гг. в Московской области». Перспективы территориального расширения. / Никонов В.В. // Материалы конференции «Звездинский чтения» 26 августа 2018 г. – музей-заповедник Дмитровский кремль, г. Дмитров.
52. Никонов В.В. Церковь и политические репрессии в Московском регионе. Столетие начала гонений. / Никонов В.В. // Нравственные ценности и будущее человечества: Материалы конференции, посвященной Дню Славянской письменности и культуры. г. Люберцы, 18 мая 2018 г.
53. Никонов В.В. Преображенский храм в Кореневе. /Никонов В.В. //Московские епархиальные ведомости. – 2017. – № 11. – С. 119–125.
54. Никонов В.В. Михаило-Архангельский храм в селе Константинове Раменского района. / Никонов В.В. // Московские епархиальные ведомости. – 2017. – № 7. – С. 110–118.
55. Никонов В.В. Духовно-нравственное воспитание молодежи на примере подвига пострадавших за православную веру в 1920–1950 гг. / Никонов В.В. // Областное родительское собрание «Подмосковная весна. Дорога к храму». г. Раменское, 5 апреля 2017 г.
56. Никонов В.В. За Христа претерпевшие. Концепция и первые итоги исследовательского проекта Гжельского государственного университета / Никонов В.В. // XI Фаддеевские чтения. Москва, Российский Православный университет святого Иоанна Богослова, 25 декабря 2016 г.
57. Никонов В.В. Особенности архивной работы по теме: «Политические репрессии 1920-1950 гг. в отношении духовенства на территории Раменского района Московской области». / Никонов В.В. // XIV Московские областные Рождественские образовательные чтения «1917–2017 гг.: уроки столетия». Материалы конференции. г. Раменское 09 декабря 2016 г. – Раменское: Комитет по образованию администрации Раменского муниципального района, 2016 г.
58. Никонов В.В. Этапность в преследованиях духовенства в период политических репрессий: священники Владимирской и Московской епархий Николай Харьюзов и Александр Виноградов. / Никонов В.В. // Новомученики и исповедники Русские: 1917–2017 гг.: уроки столетия. Материалы научно-практической конференции Александровской епархии «Епархиальные Рождественские чтения». 27 октября 2016 г. г. Александров Владимирской обл., Успенский женский монастырь.
59. Никонов В.В. Протоиерей Василий Толгский и народное образование Раменской округи на рубеже XIX–XX вв. / Никонов В.В. // V международная научно-практическая конференция «Современные проблемы регионального развития». – Биробиджан, 9–10 сентября 2014.