Руководитель - д.и.н., проф. Ершова Г.Г.
Археологический памятник La Casa de las Golondrinas является крупнейшим комплексом наскальных рисунков в Гватемале. Среди изображений встречаются астрономические символы, антропоморфные и зооморфные фигуры, отпечатки рук, а также большое количество абстрактных изображений. Наскальные рисунки сильно подвержены эрозии и многие из них в настоящее время практически не видны. Сотрудниками Мезоамериканского центра был разработан метод обработки фотографий наскальных изображений, с помощью которого было выявлено значительное количество новых наскальных изображений, невидимых невооружённым глазом, а также уточнены многие уже известные рисунки. Кроме того, на территории памятника была выявлена древняя обсерватория, а также самая древняя карта звёздного неба.
Руководитель - к.и.н., доц. Беляев Д.Д.
В 2013 году был начат и до сих пор действует уникальный исследовательский проект «Эпиграфический атлас Гватемалы», направленный на документацию иероглифических надписей майя и создание корпуса прочитанных древних текстов.
Ежегодно сотрудники Мезоамериканского центра совместно с гватемальскими коллегами проводят полевые сезоны. В 2018 году в рамках проекта были организована первая российская археологическая экспедиция в Гватемале, проводившая раскопки на памятнике I тыс. н.э. Эль-Энканто (Национальный парк Тикаль).