Мезоамериканский центр имени Ю.В. Кнорозова регулярно проводит семинары и круглые столы преподавателей и аспирантов по проблемам изучения доколумбовых культур Америки, письменности Нового Света и другим направлениям исследований Центра.
С 19 по 21 ноября 2012 г. Мезоамериканский центр им. Кнорозова РГГУ совместно с группой "Шкарет" (Мексика) провел Первый международный Кнорозовский симпозиум по эпиграфике майя в Шкарете "Инновационные подходы в исследовании календарных надписей майя". В симпозиуме приняли участие более 30 исследователей из России, в том числе 4 преподавателя РГГУ, Мексики, Гватемалы и европейских стран. По итогам работ тематических секций готовится печатное издание совместно с Университетом Веракрус, Мексика.
В 2008 г. совместно с Институтом Латинской Америки РАН Мезоамериканский Центр провел круглый стол по проблемам новейшей истории Латинской Америки и международного сотрудничества с Россией «Гуманитарные стратегии продвижения России в страны Латинской Америки».
В 2011 г. преподаватели, аспиранты и студенты РГГУ, Института антропологии и этнографии РАН выступили на круглом столе «История и культура индейцев Нового Света: современные российские исследования», посвященном новейшим подходам в изучении доколумбовых культур Нового Света.
Начиная с 1999 г. Мезоамериканский Центр раз в два года проводит международную конференцию "Кнорозовские Чтения", посвященную изучению древнейших цивилизаций как Нового, так и Старого Света.
Международная конференция "Иерархия и власть в истории цивилизаций" проводится в РГГУ с 2000 г. совместно с Центром цивилизационных и региональных исследований Института Африки РАН. С 2004 г. основным организатором конференции со стороны университета стал Факультет истории, политологии и права и Мезоамериканский центр имени Ю.В. Кнорозова.
Конференция объединяет ученых, исследующих проблематику власти во всем многообразии ее контекстов, в рамках различных школ и традиций с позиций разных научных дисциплин: политической антропологии, социальной антропологии, истории, археологии, политологии, социологии, философии, психологии и др.
Начиная с 2012 г. на базе Мезоамериканского центра им. Ю. В. Кнорозова и Учебно-научного центра междисциплинарных гуманитарных исследований проходит ежегодная международная научная конференция "Стены и мосты: междисциплинарные подходы в исторических исследованиях".
Конференция посвящена развитию российской исторической науки, становлению ее междисциплинарных связей, определяющих в целом ряде исследовательских направлений и современные перспективы развития науки.
Направления работы конференции:
По итогам издается сборник по материалам конференции.
Кроме того Мезоамериканский Центр совместно с Международным Центром РГГУ и посольствами латиноамериканских стран организует Дни стран Латинской Америки в РГГУ - Дни Мексики и Дни Гватемалы.