Особое место в научно-исследовательской деятельности ЦБИ РГГУ занимает проект "Документы по истории и культуре евреев в архивах России, Украины и Беларуси".
В 1997-2017 гг. в ходе реализации вышеупомянутого проекта были изданы:
1) Документы по истории и культуре евреев в архивах Москвы. Научные редакторы-составители - М.С. Куповецкий, Е.В. Старостин, М. Веб. М., Изд. центр РГГУ, 1997 г.
2) Документы по истории и культуре евреев в архивах Белоруссии. Научные редакторы-составители - М.С. Куповецкий, Э.М. Савицкий, М. Веб. М., Изд. центр РГГУ, 2003 г.
3) Документы по истории и культуре евреев в трофейных коллекциях Российского государственного военного архива. Научные редакторы-составители - В.Н. Кузеленков, М.С. Куповецкий, Д. Фишман. М., Изд. центр РГГУ, 2005 г.
4) Документы по истории и культуре евреев в архивах Киева. Научные редакторы-составители - Е.И. Меламед, М.С. Куповецкий, Киев, 2006 г.
5) Документы по истории и культуре евреев в региональных архивах Украины (Т.1): Волынская, Житомирская, Ровенская, Черкасская области. Научный редактор- составитель - Е.И. Меламед, Киев, 2009.
6) Nazi-Looted Jewish Archives. A Guide to Jewish Historical and Cultural Collections in the Russian State Military Archive / edited by David E. Fishman, Mark Kupovetsky, Vladimir Kuzelenkov. Scranton and London: University of Scranton Press, 2010. xiv, 291 pp.
7) Документы по истории и культуре евреев в архивах Санкт-Петербурга. Путеводитель. Федеральные архивы. Научные редакторы-составители - А.И. Иванов, М.С. Куповецкий. СПб., 2011
8) Документы по истории и культуре евреев в архивах Санкт-Петербурга. Путеводитель. Региональные архивы. Научные редакторы-составители - А.И. Иванов, М.С. Куповецкий. СПб, 2013.
9) Документы по истории и культуре евреев в архивах Санкт-Петербурга. Путеводитель. Ведомственные архивы. Часть 1. Научные редакторы-составители - А.И. Иванов, М.С. Куповецкий. СПб., 2015.
10) Документы по истории и культуре евреев в архивах Санкт-Петербурга: Путеводитель. Ведомственные архивы. Часть 2. Научные редакторы-составители - А.И. Иванов, М.С. Куповецкий. СПб, 2017.
В целом, перечисленные архивные путеводители охватывают более 4 тыс. архивных фондов.
Преподаватели и сотрудники ЦБИ РГГУ ведут научные исследования в различных областях иудаики от библеистики до русско-еврейской литературы; от раввинистической литературы до современной литературы на идише; от истории евреев Ближнего Востока в раннем Средневековье до истории советского еврейства; от славяно-еврейских языковых контактов в Средневековье до исследований по современному ивриту; от этнической истории евреев в древности до этнической демографии евреев в современной России.